Numerosos son los restos arqueológicos los que nos dan una idea del origen de Villafranca de Córdoba. Algunos de estos están representados por la localización de piezas neolíticas, íberas, romanas y visigodas. Un ejemplo de ello son los restos romanos hallados en el paraje de Los Linares, restos de la Vía Augusta o la presa romana en el Arroyo del Pontejón.
No obstante la actual Villafranca de Córdoba tiene su origen en la pequeña aldea de “El Cascajar”. Este nombre deriva de que en la zona se encontraron muchísimos detríticos o cascajos del gran río Guadalquivir.
El proceso de señorización de “El Cascajar” se comienza con Martín López de Córdoba, alcalde Mayor de Córdoba y “camarero” de Pedro I de Castilla cuando en 1358, compra a la Iglesia la despoblada aldea. En 1359, se le otorga la “Carta Puebla” para que se forme y constituya como núcleo de población, los 50 primeros vecinos( eran unidades familiares: padre, madre e hijos) que repoblaron “El Cascajar”, estaban exentos de pagar los impuestos lo que le confiere que pase a llamarse “Villafranca”.
Tras la muerte del “Señor de Villafranca”, está pasa a depender directamente de la Corona, muy relacionada con la Orden de Calatrava.
En 1549 Doña Catalina Fernández de Córdoba, Marquesa de Priego y Señora de la Casa de Aguilar, compra Villafranca. Durante esta época la ciudad florece y se desarrolla una economía en torno a la actividad agropecuaria, aunque cabe destacar la industria de manufactura basada en la fabricación de agujas. Esto determina que se conozca Villafranca, como “Villafranca de las Agujas”. En la heráldica del municipio se mantienen a día de hoy una representación de las agujas.
También es entre los siglos XVI, XVII y XVIII cuando se construyen la mayor parte de las iglesias y ermitas del núcleo urbano y alrededores, dado el fervor religioso de la época.
En el siglo XVIII la localidad se vincula a la Casa de los Duques de Medinaceli, al heredar esta familia la casa de Priego, hasta 1913 que el Duque la vende a todos sus vecinos.
Posteriormente sufre la inestabilidad política de finales del siglo XIX y principios del XX, participando en la Guerra Civil Española con amplio protagonismo como frente de batalla entre Adamuz y Montoro.